(1) pemilihan peralatan. Terdapat beberapa masalah dalam pemilihan peralatan farmaseutikal, seperti pemilihan melalui pengalaman (tanpa pengiraan sebenar, atau pengiraan data yang tidak mencukupi), usaha kemajuan secara membuta tuli, dan penyiasatan data fizikal yang tidak mencukupi, yang menjejaskan kepraktisan dan ekonomi peralatan secara serius.

(2) pemasangan dan latihan peralatan. Dalam proses pemasangan peralatan farmaseutikal, kemajuan pembinaan sering diberi perhatian, mengabaikan kualiti pembinaan, yang membawa kepada peningkatan kos penyelenggaraan peralatan pada tempoh kemudian. Di samping itu, latihan yang tidak mencukupi untuk kakitangan penyelenggaraan dan operasi peralatan juga menimbulkan risiko kepada pengurusan dan penyelenggaraan peralatan farmaseutikal.

(3) pelaburan yang tidak mencukupi dalam pengurusan dan penyelenggaraan informatisasi. Pada masa kini, walaupun banyak perusahaan mementingkan pengurusan dan penyelenggaraan peralatan, serta pengurusan rekod penyelenggaraan peralatan dan rekod parameter asas dan telah melakukan beberapa perkara, tetapi masih terdapat beberapa masalah, seperti sukar untuk menyediakan data penyelenggaraan berterusan, kekurangan maklumat spesifikasi peralatan farmaseutikal yang berkesan, seperti spesifikasi, lukisan, dan sebagainya, ini secara tidak dapat dilihat telah meningkatkan kesukaran pengurusan, penyelenggaraan dan pembinaan semula peralatan.

(4) sistem pengurusan. Kekurangan sistem dan kaedah pengurusan yang berkesan, mengakibatkan pengurusan kakitangan penyelenggaraan peralatan farmaseutikal tidak mencukupi, kerja kakitangan penyelenggaraan kekurangan piawaian, pengurusan peralatan farmaseutikal dan proses penyelenggaraan menyebabkan keselamatan tersembunyi bahaya.